O EXOMA compreende uma fração do genoma humano que contém sequencias codificadoras envolvidas na produção de proteínas necessárias ao funcionamento do corpo humano. Estas regiões são denominadas exons, estão organizadas em aproximadamente 22.000 genes e representam 3% do genoma. Sabe-se que a maioria dos erros que ocorrem nas sequencias de DNA que levam a doenças genéticas estão localizados nos exons, portanto, o sequenciamento do EXOMA é um método bastante eficiente para a descoberta de síndromes genéticas, deficiência intelectual, autismo, malformações congênitas e doenças raras.
A taxa de sucesso diagnóstico de 25%, no Sequenciamento Completo do EXOMA, é a maior no campo dos testes genéticos, entretanto, há algumas situações em que o teste não é capaz de identificar a mutação e o gene responsável. O EXOMA não analisa 100% dos genes presentes no genoma humano, por razões técnicas, alguns genes não podem ser incluídos. 
É possível obter resultado inconclusivo ou não informativo dependendo do conhecimento científico sobre as bases moleculares das patologias, associadas ao quadro clínico descrito, no momento da análise. Pode acontecer também devido a informações incompletas do quadro clínico do paciente ou devido ao fato da doença não ser de etiologia genética. Esses eventos não são considerados limitações técnicas.