A quantificação de partículas virais no sangue periférico, que define a carga viral, pode ser estimada pela quantificação direta do RNA viral através de tecnologias de reação da polimerase em cadeia (PCR). Esta avaliação não é recomendada como confirmatória de triagem sorológica. A carga viral está correlacionada ao estágio da infecção, risco de evolução para a síndrome de imunodeficiência adquirida (AIDS) e, quando associada a dados clínicos e outros parâmetros laboratoriais, permite ao clínico estabelecer condutas adequadas no acompanhamento do tratamento anti-retroviral.