Técnica com alta sensibilidade, de aproximadamente 95% para o diagnóstico de infecção, sendo padrão ouro para o diagnóstico de infecção pelo herpesvirus. Em geral a encefalite neonatal é causada pelo HSV-2 e a encefalite adulta é causada pelo HSV-1. Os testes moleculares podem colaborar no monitoramento do tratamento com Acyclovir, Fanciclovir e Valaciclovir, que reduzem em 94% a eliminação dos herpesvirus em casos subclínicos com redução de 80% da detecção do DNA viral durante o tratamento.